
En 1492 participa con Colón en el viaje de descubrimiento de América a bordo de su nao, la Santa María, de la que es maestre. Entre 1493 y 1496 participa en el segundo viaje a América como cartógrafo. Entre mayo y septiembre de 1499 organiza una expedición a América en compañía de Alonso de Ojeda y Américo Vespucio. Partiendo de Cádiz llega a América y recorre la costa sudamericana como piloto mayor y cartógrafo. Ello le permite recoger detalles precisos de la zona que luego plasma en el mapamundi por el que es mundialmente conocido.
Juan de la Cosa vive en El Puerto de Santa María y aquí elabora el primer mapamundi donde aparece el continente americano. Se trata de un pergamino de 183x96 cm. En la parte superior y en color verde aparece el nuevo mundo mientras que en la parte inferior en blanco aparece el viejo mundo. Encima aparece también la figura de San Cristóbal, probablemente en alusión a Cristóbal Colón. Una inscripción reza “Juan de la cosa la fizo en el puerto de S: mã en año de 1500”. El mapa refleja los conocimientos actualizados de América y África. Rosas de los vientos, banderas, naos, carabelas, ciudades, reyes africanos, personajes de la Biblia, figuras mitológicas, cursos de agua y puertos completan la decoración del mapa.
Su mapa no es más que el símbolo del comienzo de la era de los descubrimientos que conduce a los europeos hasta el último confín del planeta con todo lo positivo y negativo que conlleva.